“十一五”期间，在有关部门的努力下，两岸质检领域的合作向纵深发展。截至目前，海峡两岸已经签署的14项合作协议，其中涉及质检工作的协议就有6个，具体包括《海峡两岸食品安全协议》、《海峡两岸标准计量检验认证合作协议》、《海峡两岸农产品检疫检验合作协议》、《海峡两岸经济合作框架协议》、《海峡两岸知识产权保护合作协议》和《海峡两岸医药卫生合作协议》。
根据相关协议，大陆在标准、计量、商品检验、消费品安全、认证认可、进出口食品安全、进出口农产品检疫检验、地理标志保护、卫生检疫以及医疗器械、保健品、化妆品、中草药检验监管等领域均与台湾建立了合作关系，各项合作框架已经基本建立。各协议指定的联系人和工作组已经积极开展工作，保证了两岸在产品质量安全和检验检疫领域的信息沟通，并就有关合作做出细致安排。双方合作工作组组建、重大事件通报机制、共同标准制定、认证和检测结果互信等合作建议得到了两岸质检人士的一致认同。
此外，国家质检总局积极鼓励支持海西地区的发展。近期，国家质检总局出台支持海西建设的《意见》，推出8个方面28条举措，包括加强对台交流与合作、实行比一般贸易更加灵活高效的对台小额贸易检验检疫监管制度、简化对台小额贸易船舶检疫手续等。2009年，国务院《关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》出台后仅4天，国家质检总局就再次推出进一步支持海西建设的20条政策措施，包括支持闽台产业对接，支持闽台扩大农业合作，支持福建台商投资区建设和发展等。2010年10月27日国家质检总局又出台《关于支持广东海峡西岸经济区建设大力推动粤东地区外经贸发展的意见》,提出支持粤东发展对台小额贸易,支持粤东地区扩大与台湾的合作与交流。
在各部门、各单位的支持下，国家质检总局下属的检科院、标准化院、计量院、特种设备检测院等技术机构和各地检验检疫局、质量技术监督局也与台湾开展了交流与合作，起到了加强交流、增加互信、保障民生、促进贸易的作用，构建了在质检领域的立体化合作格局。
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