文件审核是整个审核过程中的重要一环，它贯穿于整个审核过程，包括第二阶段现场审核前的文件评审和现场审核时的文件继续审查。其作用是判断体系文件的符合性、充分性、适宜性和可操作性；通过文件初审，判断体系文件的符合性，并了解受审核方的基本情况，从而判断是否可以进行现场审核；现场审核时对文件继续审查，判断文件的充分性、适宜性及可操作性。
文件初审
文件初次审核一般由审核组长负责，审核组成员参加，审核可以在受审核组织非现场进行，也可以结合第一阶段现场审核对有关内容进行进一步审核，但必须在第二阶段现场审核前完成。其内容包括以下方面：第一，受审核组织所建立的环境管理体系文件是否覆盖并满足了GB/T24001：2004标准的全部要素及所有要求，是否符合法律法规的有关要求；第二，文件的层次、结构是否合理、导引途径是否明确、以及文件是否是有效版本。
审核文件的符合性和覆盖性应对照GB/T24001：2004标准和有关法律法规的要求，对受审核方的体系文件进行审核。
以GB/T24001：2004第4.3.1、4.5.1条款为例，来说明如何审核文件中对各要素描述的充分性。
环境因素（4.3.1）
a.是否有识别、评价环境因素的程序？b.程序中是否规定识别评价环境因素的方式、方法、职责？识别方法是否合理？是否明确识别应考虑组织的活动、产品、服务中能够控制的和能够施加影响所有环境因素及已纳入计划的或新的开发、新的或修改的活动、产品和服务中的环境因素？是否已明确规定评价重要环境因素的准则？这些准则是否合理？c.程序中是否明确建立环境管理体系时如何考虑这些因素？程序中是否规定了及时更新这方面信息的内容？
监测与测量（4.5.1）
a.是否有监测与测量程序？b.是否包括环境绩效的监测？尤其是对污染因子的例行监测是否满足有关法律法规的要求（频次、监测方法、监测单位等）。c.是否包括目标指标的实施情况、运行控制的执行情况的定期监测？d.是否规定监测设备的校准和维护及其记录要求？e.是否明确各类监测的记录要求？
审核文件中对各要素描述充分性的核心是紧紧围绕GB/T24001：2004标准和法律法规的有关要求进行,看文件是否覆盖了标准的全部要素，标准的有关要求是否全面体现到文件中，文件中的内容是否符合法律法规的要求。
文件的结构和层次的合理性应根据组织的规模、性质及特点进行判断，看其是否适合于组织环境管理的现状，每一层次的文件是否给出了相关文件的查询途径，各要素之间相互关系是否描述清楚，文件是否是最新有效版本。
此部分文件的审核，应依靠审核员的专业知识和受审核组织的相关资料（厂区平面图、工艺流程、地下管网图、地理位置图、环评报告、三同时验收报告、监测报告、事故事件处理报告、重要环境因素清单等）及实际情况进行，若审核组长不是专业审核员，应有审核组内的专业审核员或技术专家共同参与文件审核，可以结合在第一阶段现场审核时进行，且在第二阶段现场审核时应进一步审核这些文件的充分性和可操作性。
控制重要环境因素的相关活动将会产生大量记录，那么在文件审核时也应审核其表格的充分性，如：各种管网的维护维修记录、化粪池清掏记录、隔油池清掏记录、环保设施维修保养记录及监控记录、设备设施维修保养记录、固废处理记录、有毒有害固废交接及处理记录、水电煤纸原材料等资源的统计分析记录、危险化学品的出入库记录、与重要相关方签订的合同或协议、预案的演练及评价记录等。各种记录表格的可操作性应在第二阶段现场审核时进行进一步的审查。
从文件初审中我们应获取大量信息，为后续审核做准备。
第二阶段现场审核时对文件进一步审核
现场对文件的进一步审核由审核组成员共同完成，内容一般是审核文件的充分性、适宜性和可操作性。
首先，审核文件中规定的内容是否与公司的实际情况一致，是否适宜和可操作。如某公司废水控制文件中规定的相关要求非常详细，而实际公司无废水的排放等。
第二，审核记录表格的合理性。笔者在现场审核时发现这样的案例：一份不符合报告对应有3份不同的纠正与预防措施单；一次培训需填5份记录表单，但最终仍然缺少培训的内容和考核结果的记录等。
第三，通过查看公司的现场区域和实际的产品、活动和服务，考察体系覆盖范围内的各领域，审核文件的充分性。
现场审核中对文件的进一步审核应由每个审核员根据自己的审核任务分别进行，最终汇总到审核组长，并形成统一意见后，与受审核组织进行交流，并提出整改意见和要求，亦可开出不符合报告让受审核组织进行整改。
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