由国家认监委组织，对获得环境管理体系认证的组织进行了稽查，其稽查的重点，也是合同受理与现场审核的关注点，应引起合同受理、合同评审人员及审核人员的高度重视。
环境评价、三同时要求
是否按规定进行了“环境评价”，这是稽查的第一个重点，环境评价是国务院有关法规的要求，如果申请认证的组织没有按规定进行环境评价，是不能获得认证证书的。
1998年11月29日国务院发布实施的《建设项目环境保护条例》规定：“按照国家有关规定，不需要进行可行性研究的项目，建设单位应当在建设项目开工前报批建设项目环境影响报告书、环境影响报告表或环境影响登记表”，从事制造、加工、餐饮、洗浴等行业的企业即适用于该种情形。
所以，环境评价应以“1998年11月29日”为界限，在1998年11月29日前建立的企业，可以不提供环境评价报告，但1998年11月29日以后建立（包括改建、扩建）的项目，则必须提供环境评价报告。对无加工、无污染的服务业，可提交“环境影响登记表”，该表可由企业自己填写（不需环评机构评价），报当地基层环保部门备案即可。
接照上述要求，认证机构在受理认证合同时，应按上述界限规定，对应提供环境评价报告的组织必须要求其提供，审核员在现场（第一阶段）审核时，还应就环境及三同时有关情况收集相关证据。
法律法规要求及合规性评价
组织应识别本组织适用的法律法规要求，这里关键是“适用的”法律法规要求，即指与组织的环境因素和环境影响相关的法律法规要求，判定这些要求与组织的产品、生产、服务活动、过程之间的关联，特别是涉及“三废”排放的，应根据当地情况对应相应的排放标准。
环境因素，环境影响与法律法规的对应关系是合规性评价的前提，合规性评价应覆盖识别的法律法规全部要求（IAF白皮书）。
因此，在审核这部分内容时，应抓住几个重点：一是法律法规和环境因素、环境影响的对应关系，二是对法律法规要求的关键特性的监视、测量，三是将监视、测量结果与法律法规对照，看其是否符合法规要求，四是当个别指标未达标时，看其是否采取了切实有效的纠正和纠正措施。
同样，不遵守法规，不达标而又未采取有效纠正和纠正措施的组织，是不应获得认证证书的。
环保设施
当组织有“三废”排放时，组织应有能力对“三废”进行处理，以实现达标排放。因此，组织是否有满足“三废”处理的环保设施是能否实现达标排放的关键。审核员应充分判断环保设施及其处理能力。
在审核时，一些组织无环保处理设施，并声称是“零排放”。审核员不要轻易相信“零排放”，应充分跟踪调查，搞清楚是“零排放”还是“暗排放”。在稽查中，曾有一组织声称其是“零排放”，审核员也轻易认可了。但是，稽查人员现场观察发现，该组织并非“零排放”，这说明审核有不到位之处。
环保设施是要企业投资的，审核员不能认为企业资金困难就对此放松要求。因为，不达标排放是大事，是法律法规问题，不能感情代替原则。
相关方投诉、抱怨
除按标准要求，信息交流是针对主管部门、相关部门的。
在正常审核时，应关注生产、施工、服务现场的环境因素对周边环境带来的影响。审核员应有能力判断生产、施工、服务过程是否会给周围居民带来影响。当可能产生影响时，审核员应察看周边环境：废水是否会流到农田，废气是否会飘到居民的居住区、机关、学校。
在国家认监委的稽查中，由于一审核组未能发现相关方（工厂周边居民）投诉，而受到国家认监委的告诫。注意这里的用词是“未能发现”，所以审核组仅询问组织的管理层“是否有相关方投诉”和“信息交流”审核中询问相关人员是不够的，企业可能报喜不报忧。审核组应有能力发现，并用适当的方法予以追踪，也可向当地环保部门了解情况或访问周边居民以获得充分证据。
关于问题的追踪
一些审核员对问题的追踪不够。如对某企业的环境管理方案是否落实未追踪，另一企业环境监测中有5项措施不达标，当地环保局要求采取措施，但是审核组对企业是否采取了措施及对随后的测量结果并未予以追踪，即通过了认证。要知道，此类问题是十分重要的，问题未解决，是不能通过认证的。审核员在审核各个过程时，不但要能发现问题，对发现的问题还要跟踪，看环境管理方案是否真正落实了。
对于ISO14001∶2004标准中其他条款的审核，均要完整、深入、到位，如运行控制，应认真检查与环境因素有关的运行状况，看其是否按管理方案实施要求运行，环保设施是否按处理要求正常运行等。但对于细节问题，尽管是环境因素，如与当前的法规要求不违背，对通过认证也不会产生风险的问题，则不必花过多时间去纠缠。如何把握重点，把握分寸，审核员应发挥自己的主观能动性，准确判断，以确保认证的完整性、充分性、有效性。
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